Het verhaal van aspirant-held Lloyd Bannings gaat verder in Trails to Azure Slechts een paar maanden na de gebeurtenissen van Trails from Zero is er een tijdelijke vrede neergedaald over Crossbell en krijgt de Special Support Section hernieuwde roem en status, dankzij hun heldhaftige acties. De vrede wordt echter al snel verbroken met de opkomst van meerdere organisaties met bijbedoelingen. Deze groeiende spanningen worden ingekaderd door de toenemende druk van het Ereboniaanse rijk en de Republiek Calvard, met Crossbell tussen hen in. Nu de veiligheid van hun huis en de fundamenten van hun team op het spel staan, moeten Lloyd en zijn bondgenoten zich voorbereiden op de dreigingen die voor hen opdoemen. Ze weten niet dat Crossbell binnenkort het toneel zal worden van een climax conflict dat zijn toekomst zal bepalen...