Het verhaal van S.T.A.L.K.E.R. Clear Sky speelt zich een jaar vóór de gebeurtenissen van de originele S.T.A.L.K.E.R.-game uit 2011 af. Een groep stalkers heeft voor het eerst het hart van de Zone bereikt: de kerncentrale van Tsjernobyl. Dit leidt tot een catastrofe die op de rand van een regelrechte ramp staat. Een enorme uitbarsting van anomale energie verandert de Zone. Er zijn geen betrouwbare en relatief veilige wegen meer. Complete levels verdwijnen in de anomalieën. Stalkers en zelfs expedities komen om het leven of raken opgesloten in verloren gebieden. Nieuwe gebieden, die sinds het ontstaan ​​van de Zone onbekend waren, verschijnen op de kaart. De Zone blijft teisteren door de uitbarstingen. De Zone is instabiel. De anomale activiteit is op zijn hoogtepunt. Veranderingen op de Zone-kaart, bekend bij de stalkers, verstoren het fragiele evenwicht. Tussen de groeperingen laaien vijandelijkheden op om de nieuwe gebieden, artefactvelden en invloedssferen. Er zijn geen oude vijanden of vrienden meer - nu is het ieder voor zich. De factieoorlog is uitgebroken tussen de groeperingen. 10 uur gameplay met het hoofdverhaal. 5 compleet nieuwe levels - Moerassen, Rode Bossen, Verwoest Ziekenhuis, Limansk en Militaire Munitieopslag. 8 levels die aanzienlijk zijn herontworpen ten opzichte van het originele spel - Cordon, Vuilnisbelt, Donkere Vallei, Agroprom, Agroprom Ondergrondse, Yantar, Militair Station. Wapen- en pantserupgrades. Mogelijkheid om wapens te repareren. Bijgewerkte concepten van anomalieën en artefacten - zeldzame anomalieën zijn niet zichtbaar en worden ontdekt met behulp van detectoren. 36 wapentypes. 4 multiplayer-spelmodi. 12 multiplayer-maps.