Je bent Jak, een stille held in wording. Jak en sidekick Daxter spelen op Misty Island, een klein beetje in de buurt van een put van Dark Eco. Daxter valt erin en kruipt eruit en ziet eruit als een samengesmolten otter en wezel. De twee bezoeken de lokale wijze man van het dorp, de Groene Wijze, om hem terug te transformeren. Maar de magische havens van het ene eiland naar het andere zijn gesloten en de enige manier om de meer deskundige wijze mannen te bereiken die hem zouden kunnen helpen, is natuurlijk door op avontuur te gaan. In elke regio is er een vreemde samenzwering rond het concept van Eco die een extra laag aan het spel toevoegt. Dark Eco is dodelijk of op zijn minst mystiek en vreemd. De wereld van Jak en Daxters is gevuld met allerlei soorten van het mysterieuze element dat bekend staat als Eco. Green Eco geeft leven en zit in kisten en containers in de vele omgevingen die het paar tegenkomt. Blue Eco zorgt voor energie, snelheid en opent deuren, en Red en Yellow Eco zorgen voor energie en de mogelijkheid om vuurballen te werpen. Races, een verzameling minigames, achtervolgingen door vijanden en getimede evenementen maken allemaal deel uit van de gameplay.